Dennoch gibt es auch bei einer Haartransplantation Risiken, die zu einem unerwünschten Ergebnis führen können.
Zunächst einmal entstehen, selbst bei einem idealen Verlauf, Narben im Bereich der Entnahmestelle. Damit diese möglichst wenig auffallen, ist man dazu übergegangen, nur noch schmale Streifen oder kleine Areale zu entnehmen, so dass die daraus resultierenden Narben gut kaschiert werden können. Durch die Entnahme kleiner Bereiche ist aber das Risiko größer, dass die Wurzeln der entnommenen Haare bei der Explantation beschädigt werden. Dies kann auch bei der Vereinzelung der Haare oder der Implantation passieren. Ist die Wurzel beschädigt, stirbt sie normalerweise ab, so dass an dieser Stelle das Haar nicht wächst.

Wird ein zu großer Teil der Wurzeln beschädigt, ist das Ergebnis lückenhaft. Bei einem Eingriff besteht zudem immer das Risiko von Entzündungen, was bei der Haartransplantation zu einer verstärkten Narbenbildung und einem schlechteren Anwachsen der Haare führen kann. Das Entzündungsrisiko ist auf der Kopfhaut wegen der guten Durchblutung aber nicht sehr hoch, zudem werden teilweise vorbeugend Antibiotika gegeben.